Trái Tim Bé Bỏng xoay quanh câu chuyện của Mai, một cô gái 16 tuổi sống ở vùng biển nghèo. Cô có tình cảm với Đen và cả hai dự định sẽ cưới nhau. Tuy nhiên, do cuộc sống khó khăn, họ phải trì hoãn kế hoạch. Mai sau đó bị dụ dỗ bởi bà Tư, quyết định ra thành phố để học may và kiếm sống. Tại đây, cô bị bán và trở thành gái điếm.
Mai có một em trai tên Minh, đang mong ngóng một ngày được ra thành phố để thực hiện khát vọng đổi đời. Khi biết mình bị HIV, Mai quyết định trở về nhà để ngăn Minh không bước vào con đường sai lầm mà cô đã trải qua.
Tuy nhiên, Mai không thể ngăn cản Minh, khi cậu đã lên xe theo bà Tư ra thành phố, tiếp tục con đường mà chị gái đã đi. Câu chuyện của Mai và Minh hé lộ những góc tối của xã hội, nơi những ước mơ đổi đời bị bóp méo và những trái tim trẻ phải đối mặt với những lựa chọn khó khăn.