Đứa Con Của Thời Tiết xoay quanh cuộc sống của Hodaka, một thiếu niên 16 tuổi đến từ vùng đảo xa. Cậu chán nản với cuộc sống nhàm chán ở quê nhà và khao khát tìm kiếm thử thách mới ở thành phố Tokyo. Tuy nhiên, cuộc sống ở đây không dễ dàng như cậu tưởng. Hodaka phải đối mặt với khó khăn tài chính và nỗi cô đơn nhớ nhà.
Để trang trải cuộc sống, Hodaka viết bài cho một tờ tạp chí chuyên về tin tức lạ thường. Lúc mới đi làm, trời mưa liên tục khiến cuộc sống trở nên ảm đạm. Trong một con hẻm đông đúc, Hodaka gặp Hina Amano, một cô gái trẻ có khả năng kỳ lạ. Cô có thể làm sáng ánh sáng trên bầu trời thông qua những lời nguyện cầu đặc biệt.
Cuộc gặp gỡ này như một định mệnh ông trời sắp đặt. Hodaka và Hina dần gắn kết với nhau. Mối quan hệ của họ phát triển trong bối cảnh thành phố với những hiện tượng thời tiết kỳ lạ. Câu chuyện của họ mang đến một góc nhìn mới về cuộc sống và tình yêu.