Phù Sinh Ấn xoay quanh câu chuyện về Phù Sinh, một cô gái đã cứu Ma tôn Kính Uyên gặp nạn ở núi Phượng Minh và nhận hắn làm đệ tử. Tuy nhiên, hành động này đã khiến nàng đắc tội với cả Tiên giới. Thượng tiên Khanh Trần đã tới đòi đệ tử và phát hiện Phù Sinh giống hệt thượng tiên Hề Vân một ngàn năm trước, người đã hy sinh để bảo vệ chúng sinh.
Khanh Trần rời núi Phượng Minh với nỗi nghi ngờ, nhưng thần nữ Mộ Dao lại quyết tâm diệt trừ Phù Sinh. Để bảo vệ nàng, Khanh Trần đã thành thân với Mộ Dao, nhưng nàng ta vẫn khăng khăng không chịu bỏ qua cho Phù Sinh. Kính Uyên đã dùng chân thân Hắc Long của mình để đỡ thiên kiếp cho Phù Sinh, và cả hai đã rơi vào thế giới Phù Sinh Ấn.
Khanh Trần đã tìm kiếm Kính Uyên và Mộ Dao trong thời gian dài và cuối cùng cũng tìm thấy họ. Vì chính nghĩa và chúng sinh, họ quyết định chung tay hợp lực đối phó với Mộ Dao, người đã bị dục vọng chi phối. Cuộc phiêu lưu đầy hành động và tình cảm của Phù Sinh và các nhân vật đã bắt đầu.