Khi Bạn Thân Biến Thành Con Gái xoay quanh câu chuyện của hai đứa bạn thân thiết, Kang Tae Joo và Shin Hae Won, những người đã gắn bó với nhau từ thời thơ ấu. Họ chia sẻ tình yêu cuồng nhiệt với bóng chày và dành phần lớn thời gian để đắm chìm trong trò chơi. Tuy nhiên, số phận đã có những kế hoạch khác. Khi Tae Joo phải chuyển đến Hoa Kỳ cùng gia đình, anh không còn lựa chọn nào khác ngoài việc nói lời tạm biệt với Hae Won.
Tae Joo quyết tâm một ngày nào đó sẽ gặp lại Hae Won, người bạn thân nhất của mình. Năm tháng trôi qua, anh không bao giờ từ bỏ hy vọng được đoàn tụ với Hae Won. Khi trở lại Hàn Quốc, Tae Joo lập tức tìm kiếm người bạn thân của mình. Tuy nhiên, anh vô cùng sốc khi phát hiện ra rằng Hae Won đã thay đổi hoàn toàn. Người bạn thân nhất thời thơ ấu của anh giờ đã là một nữ sinh trung học.
Sự thay đổi bất ngờ này khiến Tae Joo băn khoăn về mối quan hệ của họ. Liệu tình bạn thân thiết của họ có thể vượt qua sự thay đổi này hay không? Phim sẽ khám phá những cảm xúc và mối quan hệ phức tạp giữa hai nhân vật chính trong bối cảnh mới.