Hoa Thơm Kiêu Hãnh xoay quanh câu chuyện về Rintaro, một chàng trai có vẻ ngoài đáng sợ nhưng ẩn sâu bên trong là một tấm lòng tốt bụng. Một ngày nọ, anh gặp Kaoruko, một cô gái cởi mở, thân thiện và luôn tràn đầy năng lượng tích cực.
Mặc dù có tính cách trái ngược nhau, Rintaro và Kaoruko dần dần trở nên thân thiết hơn. Sự xuất hiện của họ mang đến một làn gió mới cho ngôi trường trung học mà họ theo học.
Trường trung học của Rintaro và Kaoruko là hai ngôi trường láng giềng, nhưng lại có một lịch sử lâu dài căng thẳng, như “kẻ thù không đội trời chung”. Sự ganh ghét và cạnh tranh giữa hai trường đã trở thành một phần không thể thiếu trong cuộc sống hàng ngày của các học sinh.
Khi Rintaro và Kaoruko ngày càng thân gần, họ trở thành cầu nối giữa hai ngôi trường. Liệu tình bạn của họ có thể thay đổi được cục diện căng thẳng giữa hai trường, hay thậm chí là mang đến một tương lai tươi sáng hơn cho cả hai?