Tiên Đế Trở Về xoay quanh câu chuyện của Vân Thanh Nham, một thiếu niên võ giả biến mất khỏi nhân gian ba năm trước. Thực chất, hắn bị cuốn vào Tiên giới suốt ba nghìn năm và trở thành Vân Đế, một trong Thập Đại Tiên Đế nhờ thiên phú siêu phàm. Tuy nhiên, do chán ghét những mưu toan tranh đấu ở Tiên giới và nỗi nhớ gia đình, hắn quyết định cưỡng ép nghịch hành thời không để quay về nhân gian.
Sau khi trở về, Vân Thanh Nham phát hiện cha mẹ và muội muội của mình đã mất tích một cách kỳ lạ. Không chỉ vậy, trong hành trình xuyên thời không, hắn đã trải qua vô vàn kiếp nạn, mất đi pháp bảo thần khí và tu vi gần như về không. Các thế lực lớn thừa cơ vây giết, và gia tộc của hắn rơi vào nguy cơ diệt vong.
Vân Thanh Nham quyết định dựa vào thiên phú Tiên Đế vượt trội của mình để bắt đầu lại từ đầu. Hắn luyện đan, bày trận, nghiên cứu công pháp, và tìm cách áp chế kẻ thù. Trên hành trình này, hắn không chỉ muốn phục hưng gia tộc và tìm kiếm người thân, mà còn muốn chỉnh đốn lại cả giới phàm nhân. Với quyết tâm và khả năng của mình, Vân Thanh Nham sẵn sàng đối mặt với mọi thử thách để đạt được mục tiêu.