“Chitose Trong Chai Ramune” xoay quanh Saku Chitose, cậu học sinh lớp 5 được mệnh danh là “tên sở khanh” và nổi tiếng khắp trường. Dù thường xuyên bị chỉ trích trên mạng, hình tượng của Saku vẫn rất vững chắc. Khi bước vào năm hai, thầy giáo giao cho cậu một nhiệm vụ đặc biệt: thuyết phục Kenta Yamazaki, một học sinh sống khép kín và căm ghét Saku, quay lại lớp học.
Để bảo toàn hình tượng hoàn hảo của mình, Saku buộc phải tìm cách giành được lòng tin của Kenta. Điều này buộc Saku phải đối mặt với chính những mâu thuẫn trong con người mình. Cậu phải khám phá những mặt chưa hoàn thiện và tìm cách kết nối với Kenta, một người mà Saku ban đầu không muốn gần gũi.
Qua hành trình này, Saku không chỉ nỗ lực lấy lại niềm tin của Kenta mà còn phải vượt qua chính bản thân. Quá trình làm việc cùng Kenta giúp Saku nhận ra nhiều điều về bản thân và những mối quan hệ xung quanh. Cậu học sinh “sở khanh” dần hiểu được giá trịแทจริง của việc kết nối và thấu hiểu người khác.