Gia Đình Điệp Viên (Phần 2) tiếp tục câu chuyện về Twilight, điệp viên hàng đầu của Westalis, người đang thực hiện một nhiệm vụ quan trọng. Để ngăn chặn những kẻ cực đoan châm ngòi cho cuộc chiến với quốc gia láng giềng Ostania, anh phải điều tra chính trị gia người Ostanian, Donovan Desmond.
Twilight đã tạo vỏ bọc Loid Forger, một bác sĩ, và nhận nuôi cô bé mồ côi Anya. Anh kết hôn giả với Yor Briar và cho Anya nhập học tại học viện Eden danh giá. Tuy nhiên, anh không hề hay biết rằng Yor là sát thủ được mệnh danh “Công chúa Thorn” và Anya là siêu năng lực gia có khả năng đọc suy nghĩ.
Ban đầu, họ hình thành một gia đình giả, mỗi người đều lợi dụng lẫn nhau. Nhưng theo thời gian, họ dần nhận ra tầm quan trọng của hai người kia trong trái tim mình. Mối quan hệ giữa họ ngày càng trở nên phức tạp và sâu sắc.
Trong phần hai của loạt phim, gia đình Forger sẽ tiếp tục những cuộc phiêu lưu đầy hài hước và hành động. Họ phải đối mặt với nhiều thách thức và nguy hiểm, nhưng đồng thời cũng khám phá ra những điều thú vị về nhau và về chính mình.