Biển Sâu Đêm Tối xoay quanh câu chuyện của tướng Ngô Thạch, Phó Tham mưu trưởng Bộ Quốc phòng Quốc dân đảng, người đã mạo hiểm thu thập và truyền đạt tin tình báo quân sự tuyệt mật trong bối cảnh Đài Loan chìm trong “khủng bố trắng” năm 1949. Với vai trò là điệp viên ngầm cao cấp nhất của Đảng Cộng sản, ông làm việc không ngừng nghỉ để góp phần vào sự nghiệp thống nhất đất nước.
Tuy nhiên, một vụ phản bội đã khiến Ngô Thạch cùng đồng đội rơi vào tay kẻ thù. Dù chịu tra tấn dã man, ông vẫn giữ vững khí tiết và từ chối tiết lộ thông tin quan trọng. Ngay cả trong những giây phút cuối cùng, Ngô Thạch vẫn thể hiện lòng trung thành và hy sinh anh dũng cùng đồng chí.
Câu chuyện của Ngô Thạch để lại dấu ấn sâu đậm về lòng yêu nước và sự hy sinh cao cả. Mảnh đất Đài Loan lưu giữ huyết mạch trung thành của ông như một biểu tượng vĩnh cửu về tinh thần không khuất phục trước áp迫 và phản bội.