Thám Tử Lừng Danh Conan là một bộ phim hoạt hình xoay quanh cuộc phiêu lưu của một cậu bé trở thành thám tử.
Câu chuyện bắt đầu với Shinichi Kudo, một học sinh trung học 17 tuổi với khả năng suy luận và phân tích nhạy bén. Trong một lần đi chơi công viên với bạn gái thuở nhỏ Ran Mori, cậu vô tình chứng kiến một vụ án giết người trên chuyến tàu tốc hành. Sau khi giải quyết vụ án, trên đường về nhà, Shinichi tiếp tục theo dõi một nhóm người đàn ông mặc đồ đen có hành động mờ ám.
Tuy nhiên, Shinichi bị phát hiện và bị cho uống một loại thuốc độc APTX4869 nhằm mục đích thủ tiêu cậu. Nhưng loại thuốc này đã không giết chết Shinichi mà biến cậu thành một cậu bé tiểu học với cái tên Conan Edogawa.
Từ đó, Conan bắt đầu cuộc sống mới và sử dụng khả năng của mình để giải quyết các vụ án xảy ra xung quanh, trong khi tìm cách khôi phục lại hình dạng thật của mình.