Phiêu Miểu Kiếm Tiên Truyện xoay quanh câu chuyện của Đông Phương Thiếu Hồng, một chàng trai thường bị mọi người giễu cợt. Tuy nhiên, ít ai biết rằng anh đáng thương hơn là đáng cười. Thiếu Hồng mang trong mình hai loại thể chất của đại đạo, nhưng chúng lại bài xích lẫn nhau, khiến anh không thể tu luyện.
Tình cảnh của Thiếu Hồng trở nên tồi tệ hơn khi cha anh bị bọn Tiên Minh bắt đi. Lý do là ông ấy biết nhiều bí mật về Thương Ngọc Tiên Phủ, một nơi ẩn chứa nhiều điều神秘. Bọn Tiên Minh và các gia tộc khác cũng đang cố chèn ép gia tộc của Thiếu Hồng đến mức diệt vong.
Với trái tim đầy uất hận, Thiếu Hồng đã dùng máu của mình để tạo nên sức mạnh từ Tiên Nguyên Đạo Thạch. Anh tạm thời bảo vệ được gia tộc mình, nhưng cha anh vẫn bị bọn Tiên Minh mang đi. Một vị cố nhân của cha anh, Quý Dận, đã cứu giúp Thiếu Hồng và đưa anh đến một miếu tông để tu luyện và phát triển sức mạnh. Đó là cách duy nhất giúp anh có thể cứu cha mình.